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空间转录组

所属分类：

单细胞与空间组学服务

空间转录组是在组织原位检测全转录组基因表达的一种技术，帮助在检测基因表达水平的同时，获得基因在组织内部空间表达的位置信息。

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服务介绍

 

       细胞的转录信息、空间位置信息、形态学信息、生理学信息，对理解细胞功能至关重要。空间转录组技术实现在组织环境中将基因表达情况可视化。世博生物空间转录组测序是利用10X Genomics Visium平台，结合显微成像、芯片、测序技术，从一片完整的冰冻组织切片中获取切片不同位置细胞中转录组数据，并将组织学和基因表达分析相结合，通过特有数据分析方法进行基因表达和形态学数据的可视化。下面就随小编一起，学习了解10×Genomics空间转录组学。

1. Visium

Visium 空间基因表达玻片包含四个6.5mm×6.5mm的捕获区域，每个捕获区域内包含约5000个55 µm直径的带有空间位置标签的圆形spot点，spot点之间间隔45 µm，在组织切片上原位捕获mRNA。

1.1 实验原理

1.2 项目流程

2. Visium Cytassist

Visium Cytassist空间基因表达玻片包含两个6.5mm×6.5mm的捕获区域，每个捕获区域内包含约5000个55 µm直径的带有空间位置标签的圆形spot点，spot点之间间隔45 µm。

2.1 实验原理

针对人和小鼠的约18000 个基因设计了基因探针，设计位点在基因编码区，尽可能保守（每一个基因都有至少一对probe以靶定RNA的特定序列，probe之间没有碱基间隔，一对probe的设计可以有效降低假阳性）。

2.2 项目流程

3. Visium Cytassist

Visium Cytassist HD空间基因表达玻片包含两个6.5mm×6.5mm的捕获区域，每个捕获区域内包含数百万个2 x 2 µm带有空间位置标签的小方格，小方格连续排列“无间隙”，实现了单个细胞的分辨率。

3.1 实验原理

3.2 项目流程

4. Xenium

通过靶向探针与强大的光学元件、数据采集和精确解码技术相结合，能够以亚细胞分辨率在整张切片上快速检测大量靶点的组织原位表达水平；将FF或FFPE组织切片置于Xenium载玻片上， FF样本进行固定和透化、FFPE样本进行脱蜡和解交联；利用可环化的DNA探针与切片中互补的靶RNA杂交。

4.1 实验原理

过量的，未结合的探针在杂交后的清洗步骤中被冲走，在去除未结合的探针后，添加一个连接酶将探针进行连接，并进行滚环式扩增；进行自身荧光淬灭和DAPI染色。组织原位的特异性扩增产物经过多轮荧光探针杂交，成像和探针去除，形成原位荧光信号序列，仪器解码这个荧光序列即可获得该位置所属基因。

4.2 项目流程

5. 应用方向

1.肿瘤研究（肿瘤微环境、肿瘤异质性、肿瘤浸润）

2.免疫研究（免疫细胞浸润、免疫扩散）

3.发育生物学（细胞类型的空间分布）

4.神经学（大脑图谱、脑组织解剖）

病理学（病理切片的、空间基因表达信息）

6. 样本准备

 

关键词：

空间转录组

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